Территория заповедника протянулась от побережья Японского моря и почти на 100 км вглубь материка. Хребет Сихотэ-Алинь делит заповедник на две климатические зоны: восточный склон отличается повышенной «тропической» влажностью, а западный – более континентальный, с жарким летом и многоснежной, морозной зимой. Этим объясняется гармоничное соседство северных и южных видов флоры и фауны: бурого и гималайского медведей, лося и пятнистого оленя, кедра корейского и лианы актинидии и других.