На территории заповедника и сопредельной территории находятся памятники разных археологических культур.
Мезолит, средний каменный век. VIII - VII тысячелетие до н.э.
К самому древнему памятнику археологии относится поселение Тернейского анклава устиновской культуры. Оно расположено в среднем течении реки Таёжной
Палеометаллическая эпоха. Конец II — начало I тысячелетий до н.э.
Второе по древности поселение «Благодатное» находится на террасе в 600 метрах от берега Японского моря и относится к лидовской культуре. На Благодатном люди жили издревле. Такое удобное место не могло не использоваться. Довольно глубоко вдающаяся в берег бухта, рядом лагунного типа озеро, ключ, впадающий в море в середине бухты. Всё это в окружении невысоких увалов и мелких сопок на фоне более высокой горы Верблюд. За небольшим перевалом – другая бухта и озеро.
Сотрудники Института истории, археологии и этнографии народов Дальнего Востока ДВО РАН Владимир и Ольга Дьяковы, проводившие раскопки в районе Благодатного в конце 70-х годов прошлого века, датировали найденные поселения Лидовской культуры концом II и началом I тысячелетия до нашей эры. Свое имя они получили по названию реки Лидовка, которая протекает на северо-востоке Приморья - здесь было найдено одно из наиболее крупных поселений тех времён.
Лидовцы, как правило, селились в долинах небольших рек на невысоких террасах. Они возводили наземные жилища. На озере Благодатном наклонная поверхность террасы потребовала от людей той поры специальной подготовки. Со стороны склона часть грунта была выбрана, благодаря чему образовались площадки, ограниченные с одной стороны невысоким (10-20 см) уступом. Несколько ниже по склону был сделан ещё один уступ такой же высоты. В результате каждое из трёх жилищ оказалось размещённым на двух невысоких искусственных террасах. Это нововведение, вызванное условиями местности, позволило обойтись без котлованов.
В процессе раскопок пришлось столкнуться с совершенно неожиданным явлением: там, где предполагались стены жилых построек, были найдены ряды очень плотных невысоких глиняных столбиков. Точно такие же столбики оказались и вблизи очагов. Возможно, столбики входили в интерьер жилища и служили основаниями для нар-лежанок. Это уникальное явление, и назначение его пока предположительно и требует специального исследования.
Занимались лидовцы земледелием с использованием мотыжной обработки почвы, возделывали просо. Меньшее значение имели охота и речное рыболовство. Несмотря на близость моря, лидовцы так и не научились пользоваться его дарами. Сбор морских продуктов если и имел место, то в очень ограниченных количествах.
Всего здесь сконцентрировано 4 археологических памятника, которые включают в себя одно поселение ахобинской группы (Благодатное 3) и три стоянки:
Благодатное 1
Расположен в 13 км к юго-западу от пос. Терней на перешейке между озером Благодатым и бухтой Удобной. Обнаружен Владимиром Дьяковым в 1974 году.
Благодатное 2
Расположен в 16 км к юго-западу от пос. Терней по правому берегу протоки между озером Благодатным и бухтой Удобной на территории бывшего пос. Благодатного. Обнаружен Владимиром Дьяковым в 1974 году.
Благодатное 3
Расположен в 300 м к востоку от одноименного озера на первой надпойменной террасе Сухого ключа. Обнаружен Владимиром Дьяковым в 1974 году. Археолог продолжил исследования в 1975, 1980 годы на участке 342 кв. м.
Выявлены остатки трех жилищ ступенчатой двухкамерной конструкции, приспособленных к условиям склоновой поверхности террасы.
Памятник однослойный. Отнесен к лидовской культуре.
Сухой Ключ
Расположен на правой приустьевой террасе Сухого ключа к востоку от озера Благодатного. Открыт Владимиром Дьяковым в 1975 году. Памятник однослойный с тонким культурным слоем - 5-10 см. Собранная коллекция позволяет отнести его к лидовской культуре.
Раннее Средневековье (I — начало II тысячелетий н.э.), Средние века, XIX и XX века
В бассейне реки Джигитовки расположены городища: Куналейское, Красное озеро и Поднебесное, относящиеся к средневековым памятникам мохэской, бохайской и чжурчженьской культур (первое и начало второго тысячелетий н. э.), а также крепости и поселения средних веков и поселения 19-20 веков.